Software - Sakakibara Lab

Software - Sakakibara Lab


Software

当研究室で開発されたソフトウェアおよびデータベースです。

比較ゲノム関連

Murasaki

Murasaki

ゲノム配列から,アンカーと呼ばれる数十~数百塩基程度の比較的短い相同領域を高速に検出するソフトウェアです. 3 本以上の配列を同時に扱えることと,ヒトの染色体のような長い配列を扱えることが特徴です.

OSfinder

OSfinder

Murasakiなどのゲノム比較ツールによって計算されたアンカーを入力とします. そして,比較している生物種の中で,ゲノム再編成が起こっていない領域 (≒遺伝子の並びが変化していない領域)を同定するプログラムです.

RNA関連

PHMMTS

PHMMTS

RNA 配列のアラインメントと 2 次構造を計算するプログラムです. 2 次構造未知の入力配列を 2 次構造既知の参照配列に対してアラインメントします.

PSTAG

PSTAG

RNA 配列のアラインメントと 2 次構造を計算するプログラムです. PHMMTS の拡張版であり,シュードノットと呼ばれる特殊な 2 次構造を扱うことができます.

BPLA kernel

BPLA kernel

RNA 配列間の類似度を極めて正確に計算するプログラムです.これまでに機能性 RNA のファミリ予測,クラスタリング,プロファイル探索, 相同性検索など様々な解析に応用され,いずれも世界最高の精度を達成しています (2010年11月現在).

インタラクトーム関連

COPICAT

COPICAT

統計的学習手法(SVM)を利用し、タンパク質化合物間相互作用の網羅的な予測を行います. DrugBank等の情報を利用したモデルに加え、ユーザー定義の予測モデルを付加することで、多様な問題に対応することも可能です.

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